Rückseite des Bethanien mit dem Luisenstädtischen Kanal Mitte des 19. Jahrhunderts.
Während die Wohnbebauung Mitte bis Ende des 19. Jahrhunderts langsam an das Bethanien heranwächst, kommen auch auf dem Krankenhausgelände weitere Bauten hinzu. Auf dem Oeconomie-Hof entstehen Stallungen für 16 bis 18 Kühe, deren Milch für die Tuberkulosekranken bestimmt ist. Ein Gewächshaus wird gebaut. Aber die hygienischen Verhältnisse sind katastrophal.
Im Keller werden nicht nur die Leichname aufbewahrt, hier befinden sich zunächst auch die Latrinenbottiche und die Wäschekammer. Immer wieder kommt es zu „Hospitalbrand“, den zu dieser Zeit noch unheilbare Wundinfektionen durch Keime. Der Ruf des Krankenhauses wird mehr durch den konservativen Pfarrer Schultz bestimmt als durch Heilungserfolge. Die Patienten bleiben aus, damit auch die notwendigen Gelder.
Robert Wilms arbeitete seit 1848 in der Kranken- und Diakonissenanstalt Bethanien als Assistenzarzt. Sein Schwerpunkt wurde die Chirurgie. Es war die Zeit, als Theodor Fontane in einem der Nebengebäude des Bethanien wohnte. „In ebendiesem Hause, dem Ärztehause, waren drei Doktoren einquartiert: in der Beletage der dirigierende Arzt Geheimrat Dr. Bartels, in den Parterreräumen einerseits Dr. Wald, andrerseits Dr. Wilms“, erinnerte sich Fontane. „ Zwei von des letzteren Wohnung abgetrennte Zimmer mit Blick auf Hof und Garten bildeten meine Behausung. Bartels und Wald waren verheiratet, was einen Verkehr zwar nicht ausschloss, aber doch erschwerte, Wilms und ich dagegen trafen uns tagtäglich beim Mittagessen, das wir gemeinschaftlich mit einem ebenfalls unverheirateten bethanischen Inspektor in dessen im »Großen Hause« gelegenen Zimmer einnahmen. Drei Junggesellen: Wilms sechsundzwanzig, ich achtundzwanzig, der Inspektor einige dreißig. Das hätte nun reizend sein können. Es war aber eigentlich langweilig.“
Wilms, so notierte Fontane, sei immer etwas gereizt gewesen, „teils weil ihn das Pastor Schultzische Papsttum direkt verdross, teils weil ihn die Haltung der beiden ihm vorgesetzten Ärzte, das mindeste zu sagen, nicht recht befriedigte“. „Dazu kam auch wohl noch die Vorahnung beziehentlich Gewissheit, dass er die, denen er sich jetzt unterstellt sah, sehr bald überflügeln würde“, so Fontane. „Dem nachzuhängen wäre nun gewiss sein gutes und für mich unter allen Umständen sehr unterhaltliches Recht gewesen, aber weil er bei seinen großen Vorzügen – seine größte Eigenschaft, fast noch über das Ärztliche hinaus, war seine Humanität – doch eigentlich was Philiströses hatte, so verstand er es nicht, seinen Unmut grotesk-amüsant zu inszenieren. Er hatte keine Spur von Witz und Humor und entbehrte alles geistig Drüberstehenden. Er wurde nur groß, wenn er das Seziermesser in die Hand nahm.“
1852 wird Wilms ordinierender Arzt, 1862 Chefarzt. Die große Zahl an Wundinfektionen macht ihm zu schaffen, teilweise operiert er lieber in einem Zelt hinter dem Bethanien.
1854 werden zunächst Latrinenröhren installiert, die in Senkgruben auf dem Hof enden, damit die Kotfässer abgeschafft werden können. Nahe des neuen Luisenstädtischen Kanals wird im selben Jahr ein gesondertes Leichenhaus errichtet.
Wilms Kampf für bessere Hygiene kommt nur langsam voran. Sein Ruf als Chirurg sorgte allerdings dafür, dass sich immer wieder sich junge Ärzte um eine Assistentenstelle bewarben. Einer von ihnen war Werner Körte (1853–1937), der später Direktor vom Krankenhaus Am Urban wurde. Nach Wilms und Körte sind bis heute Straßen in der Nähe des Urban-Krankenhauses benannt.
Wilms wirbt für mehr Sauberkeit bei der Kleidung der Diakonissen, im Umgang mit den Küchenabfällen, bei der Düngung des Bodens, denn das Trinkwasser wird über Brunnen aus dem Boden gewonnen. Erst spät wird untersagt, die Kranken- und Operationssäle mit dem Brackwasser aus dem Luisenstädtischen Kanals zu wischen. Denn wegen des geringen Gefälles und der seltenen Nutzung durch Schiffe steht das Wasser im Kanal. 1870 wird das Bethanien an die Berliner Wasserversorgung angeschlossen. Zehn Jahre später folgt auch der Anschluss an die Kanalisation. Ein Desinfektionsapparat wird gekauft.
Für Wilms, während der Kriege 1866 und 1870/71 als Generalarzt im Einsatz und mit dem Eisernen Kreuz erster Klasse ausgezeichnet, kommt das zu spät. Er stirbt im September 1880 an einer Infektion, die er sich bei einer Operation zugezogen hat. Werner Körte vertritt ihn während seiner Erkrankung und leitet das Bethanien kommissarisch bis zum April 1881.
